1978年3月1日，经中共中央、国务院批准，中国科大研究生院在北京正式成立，这是全国高校中的第一所研究生院。这所研究生院是如何建立起来的，为何会选择“落户”在中国科大？这些问题的答案都离不开赵九章先生的率先动议。

1962年10月，时任中国科学院地球物理研究所所长、中国科大地球物理系主任的赵九章致信中国科学院副院长张劲夫、副秘书长郁文，建议为全面统筹研究生的招收与培养，更有效地培养青年科学工作者,应该安排中国科大组织协调中国科学院研究生工作，总结各研究所培养研究生经验，为在中国科大开办研究生院做准备。

1963年5月，赵九章偶然看到美国在其气象及空间物理规划中详细介绍了美国未来10年内如何培养高级科学研究人员，他感受到中国科学院培养高级科研人员的紧迫性，再次致信中国科大副校长武汝扬，提出先办研究生班，后建研究生院的建议。他在信中写道：“我校的特点有二：一是有较多的科学家从事科研第一线工作，二是各所都是国家的重点研究单位，有较好的大型实验设备。因此，必须充分发挥这两个特点……逐渐把重点放在研究生院，成为我国培养研究人才的一个中心。”

至于如何建研究生院，赵九章认为，考虑到中国科学院与学校的具体情况，应逐渐采取一些措施，可先在某些系设立研究生班，为最终开办研究生院积累经验，做好准备。比如地球物理系研究生班的专业课程可由所里导师负责，其余外语、高等数学、基础理论物力（如四大力学）等相关知识，可请中国科大有关专业代为解决。如此一来，所系结合，既有利于研究生的正规学习，也可以节省出导师的大量时间，更好的发挥导师力量，增加研究生的名额，多快好省地为国家培养出一批科学骨干。

直至1977年6月，中国科学院召开工作会议，要求“有条件的单位，要招收和培养研究生”。同年9月，中国科学院决定在京筹设图书馆VIP研究生院。

1978年恢复研究生招生至2023年7月，中国科大累计已授予博士学位19133名，学术硕士学位23124名，专业硕士学位30579名。中国科大研究生教育将继承和发扬“全院办校、所系结合”的传统，促进教育与科研结合，培养更多一流创新型人才。